Segundo a localização do trombo, existem dois tipos de trombose, a trombose arterial e a trombose venosa.
Essas patologias são referidas como tendo etiologias diferentes, sendo que a associação com as alterações das proteínas dos mecanismos coagulante e anticoagulante ocorre, principalmente, nos casos de trombose venosa.
A trombose arterial resulta, geralmente, de um processo de alteração da parede dos vaos, por exemplo aterosclorose.
O mecanismo pelo qual o trombo se propaga a partir do sítio inicial permanece sem explicação e em muitas formas da trombose arterial a fisiopatologia é incerta.
Na trombose venosa, geralmente, a parede vascular não apresenta alteração histológica e fatores extrínsecos ao vaso parecem desempenhar o papel principal na fisiopatologia. O trombo venoso desenvolve-se sob condições de fluxo sanguíneo lento, sendo aumentado por um novo retardo e estagnação do fluxo.